Lai gan Kurzemes un Zemgales hercogiste sludināja neitralitātes politiku, apkārtējās lielvalstis to nesadzirdēja. Visos konfliktos, kuros bija iesaistīta Polija, Zviedrija vai Krievija, Jelgava vienmēr bija «pa ceļam» vieniem vai otriem.
17. gadsimta vidū atsākās Polijas–Zviedrijas–Krievijas karš. Šī kara beigu posms norisinājās hercogistes teritorijā un skāra arī Jelgavu. Hercogam Jēkabam tika pieprasīts atļaut zviedru karaspēkam no Rīgas puses šķērsot Zemgali, bet vēlāk zviedri savu nodomu mainīja – pieprasīja no hercoga atpirkšanās maksu un Bauskas cietoksni. Lai gan 28. septembrī tika parakstīta vienošanās par 20 000 dālderu samaksu un lielām pārtikas piegādēm, 9. oktobrī zviedru Vidzemes ģenerālgubernatora Roberta Daglasa komandētais karaspēks ieņēma Jelgavas pili, sagūstīja hercogu Jēkabu un ar visu ģimeni aizveda gūstā uz Ivangorodu. Zviedri uz veselu gadu okupēja hercogistes Zemgales daļu, kā arī daļu no Kurzemes. Zviedru Jelgavas pils garnizons kapitulēja 1660. gada janvārī.
Šī kara rezultātā tika zaudētas abas hercogistes aizjūras kolonijas – Tobago un Gambija.
Attēls: Zviedru Vidzemes ģenerālgubernators Roberts Daglass
Avots: Ģederta Eliasa Jelgavas Vēstures un mākslas muzejs
2.2 °C,
3.7 m/s,
87.5 % 
2.2 °C,
3.7 m/s,
87.5 %